《本草纲目》增广本“脏腑虚实标本用药式”中说：“命门为相火之源，天地之始。”“三焦为相火之用，分布命门原气，主升降出入，游行天地之间。总领五脏、六腑、营卫、经络、内外、上下、左右之气，号中清之腑，上主纳，中主化，下主出。”这个三焦理论出于何处，我们暂不去考证。对这个命门相火、命门原气、升降出入必须说明一下，因为这是人认识自己与大自然的关系以后，对自己本身的认识，也可以说是人对自己的性与命的认识。
命是什么?简单地说，阴阳合德而有生命。性是什么?性是生命体的本能。儒家说：“食色性也。”这是说饮食与色欲是人的性，性就是人的本能。为什么叫本能?是因为自然而有。有生命必然有本能，本来就有这个能力。本能并不只是饮食与性交，很多的能力是属于与生而来的本能。饮食、呼吸、大小便、出汗、咳痰、呕吐、流泪、鼻涕、唾液、耳屎……这些活动都是与生命同时而有的能力，不是学习而来的。这些本能是干什么用的呢?是保护生命、调节生命活动的和谐状态的能力。这些能力是不可缺少的。缺少了这个本能，生命就失去了生存条件，生命便会终止。
上面我讲的这些本能，不是人体本能的全部，只是本能中常常可以见到的几个。我们没必要把人的本能全部列出来。
生命本能是从哪儿来的?是从生命的本性而来的。生命的本性是什么?就是生命的本质属性。属性是什么?是“合一性”与“和谐性”。中医传统的说法对合一性的解释是“阴阳合德”。“阴阳合德”发生了生命。生命的表现是命门原气。这个原气的功用为“三焦”，是三焦把生命的原气分布在人体各个器官、组织。这个三焦主宰人体各器官组织的“升、降、出、入”。在大自然中是天地万物的动力，升降出入，调节着天地万物关系的和谐。无处不有，无处不在。在人体也是这个升降出入的原动，与字宙万物之间一样，无处不有，无处不到地总领着五脏、六腑、营卫、经络、上下、内外、左右之气，在上主宰纳，在中主宰化，在下主宰出。从升降出入、上下、内外、左右看，人体是个内外开放的系统。不是内外开放怎么能升能降、能出能入呢?怎么能生存呢?
我们可以想见，“阴阳互根”是生命的本质属性。生命能把外界的物质纳入体内，把一部分变化为自己身体的一部分，又变化为生命能。生命能再去纳入外界物质，再变化身体与动能，并把异类物质排出去。这个往复过程就是“阴阳互根”的过程，就是我们饮食、呼吸、大小便等等的过程。这个过程必须是在内外开放系统中才能进行。人体是个复杂的内外开放系统，这是毫无可疑的了。在这个复杂的开放系统中，有一个生命原始的和谐性本能动力，“升、降、出、入”调节系统，就是上述所说的三焦。三焦分布命门的原动力，一身器官、组织，无所不到，无所不有，总领五脏、六腑、营卫、经络、上下、内外、左右之动力。这是什么系统?升降出入调节系统，就是三焦功能系统。
我们看《伤寒杂病论》六经方法系统，汗、吐、下、和、温、清各个方法，哪一个方法不是人体本能的活动?无论是排除异己物质，还是调节自身功能，哪一个方法不是升降出入而完成的?这个本能系统医学，我们可以说始于《伤寒杂病论》，而一千八百年来没有发展!为什么没有发展?我想第一个原因是《伤寒六经》的核心内涵没有被诠释出来。为什么没被诠释出来?我认为最重要的原因是《伤寒六经》的深邃内涵己是超现代水平，现代人还没有理解，我们的前人，又如何发展?
数千年以来，中医一统天下，唯我独尊。但近百年来，西方医学进入中国，在比较之下，中医没有统一的理论体系说理，纷繁芜杂，语句佶倔难懂，多以意度，少用证据，随意而为。这对于西方文化治学态度来说，实难接受。近百年中医所遭受的冷遇与打击、改造，是令人深省的。不用说一般西方学成归来的学子，即使梁启超、鲁迅这样的大家对中医也没理解。又加上中国百年以来所受西方的凌辱与战争的需要，中医走向衰落己是必然。但是，作为伟大的民族文化的中医学，近百年来仍在冻土中吸收着营养，孕育着生机，静待着春雷的发动!终于等来一个惊天动地、摧心裂肺的声音从天而降：“创建和谐社会!”和谐是中华文化的根!这是推动中医发展，破土而出的春雷。太阳出来之前，灯泡在炫耀它的光辉。太阳出来了!那灯泡不过是萤火之光。