它的条文及篇章之间的联系，正是伤寒病理的联系；它的条文及篇章的次序，正是伤寒病理过程发展的次序。
因此，无论它遭到怎样的颠倒与纂改，只要我们去探索伤寒病理过程的发展变化规律，发现它的内在联系，就可以按照伤寒病理过程本身的需要，安排其篇章条目的次序。如果不了解这个意义，而从主观上和别的什么去追求易学实用，岂不是缘木而求鱼！
二、伤寒论的整理问题
历代医家对《伤寒论》的整理有不少分歧意见。如方有执、喻嘉言主张按“风伤卫、寒伤营、风寒两伤营卫”来分太阳篇。又按“太阳阳明、正阳阳明、少阳阳明”来分阳明篇。这种做法使它在理论上臆造，在实践上多生枝节，因而是无益的。
沈自南、包诚主张伤寒各经按阴阳、虚实、表里、标本分证。然而六经之体本自为阴阳表里虚实寒热，又何必阴阳之中更分阴阳，表里之中再分表里呢？这也不是通论。尤怡、钱潢主张以治分类。柯琴、徐灵胎主张以方剂分证。
这两种分法似乎近于实用，但终于是以外部联系为根据的整理方法。因而它只能分割伤寒六经，并不能反映伤寒的发展规律。同时，方剂应是属于证候，治法应从属于病理，而以治分类，以方分证都是倒置的整理方法。
这类整理方法不可能使伤寒论成为完整的科学系统，而且也不会有纲举目张的效果。整理《伤寒论》，只能依据伤寒病发展规律的病理特性来分壁条理、安排编次，才能体现伤寒六经辨证论治的系统性和系列性，才能使之成为完整的科学系统，因为任何千头万绪的事物，只要按照它本身的特殊性质和共同性质整理成为系统的、系列的东西，它就成为井然有序的，自然也便容易认识和掌握了。
原来伤寒六经正是依据伤寒病理发展过程中不同的病性和病位而分化的六个不同的病理阶段，在各病理阶段中又依据不同的病理趋势而区别为若干具体的伤寒证候。总之，伤寒六经病，是以病理的特殊性质相区分，又以病理的同一性相联系的；
六经病相连结的整体是一个伤寒系统；相对立的六经病是伤寒病理发展过程中的六个不同阶段，各阶段中又以不同的病理趋势分为若干具体证候。
换句话说，六经病是伤寒病理过程中的六个纲，各具体证候为六经纲领中的子目。从伤寒系统到六经纲领，下至子目证候，俱是以病理的特殊性相区分，以病理的同一性相联系的。
而治法和方剂、药物又俱是以病理为依据的。这便形成了一个伤寒辨证治疗系统。如果要整理《伤寒论》，必须按照上述这个伤寒病本身的发展规律所反映出来的系统程序来进行。
如果不能认识伤寒六经的系统性，而去追求什么风寒营卫、以治分类、以方类证等等，那根本不是系统的整理。所谓系统，决不是任何人预制的框框，而必须是也只能是事物本身发展规律的反映，非此不成其为系统。整理《伤寒论》，还必须遵循这样一个原则：从理论上有所阐发，在实践上有所裨益。离开这一原则的整理工作是无价值的。
三、关于对伤寒六经的解释
自宋代成无己注伤寒释六经以来，代代不乏其人，能卓然自立一说者却寥寥无几。但真正通晓伤寒六经大义，全面正确解得六经的至今尚无一人！数百年来，热病论六经之说，经络六经之说，气运六经之说，聚讼争鸣，迄今亦无定论。建国三十年来，我国中医于此仍然保持缄默。
目前各中医学院之《伤寒论》讲义，从内容方面仍不出旧说、旧注；从体裁上仍是原文集解：从六经的解释上亦是旧说的兼容并蓄。总之，是没有明显的发展。
伤寒六经的本质究竟是什么呢？要了解这一点必须从伤寒六经本身的矛盾性中去认识它所单独具有的那种特性。否则便不会得到本质的认识。前代医学家们之所以没能全面正确的认识伤寒六经，最主要的原因就是人们不是从伤寒六经内部研究它的矛盾性质，而是到伤寒六经以外，别的什么地方去寻求根据和解释。因而热病六经、针灸经络六经、运气六经便相继被医学家们搬进伤寒论来。
但没有一个说法能够全面正确地解得伤寒六经，没有一个不是牵强附会之谈，没有一个不无捉襟见肘之处，没有一个不用杜撰或臆造的理论来使伤寒条文纳人其规范之中。
伤寒六经并不是奥秘难解的东西，它也并不是它本身以外的什么东西，它只是它自己。它是伤寒病理过程发展变化规律的反映，它是对伤寒过程“由特殊到一般”又“由一般到特殊”的认识方法。